Հովհաննիսյան ինստիտուտի Մարզային ծրագրերի տեսլականն է ապակենտրոնացնել հումանիտար կրթությունը և արվեստի կրթությունը Երևանից դեպի մարզեր, խթանել միջմարզային կապերի և համագործակցության հաստատմանը։ Ինստիտուտի համար հնարավորություն ստեղծել սեփական ուսումնասիրությունները կապակցել մարզերի մշակութային, պատմական ժառանգության հետ՝ տեղ բացելով գիտական վերամտածման համար։
Հայաստանի մարզերում պատմական, մշակութային և արվեստային քննական գիտելիքի տարածումն իրականացվում է՝ ելակետ ունենալով Ինստիտուտի՝ համայնքային առանձնահատկություններն իբրև հետազոտական մեկնակետ ընդունելու գործելակերպը։ Մարզային ծրագրերը ընդգրկում են կրթական, մշակութային նախագծեր, բանախոսություններ, թեմատիկ քննարկումներ, արվեստային աշխատանոցներ, միջգրադարանային միջոցառումներ, տեղական կարիքներից բխող այլ համագործակցություններ և համատեղ ծրագրեր։ Մարզային ծրագրերը միտված են մարզերի մշակութային և կրթական կենտրոնների հետ աշխատանքային սերտ կապերի հաստատման միջոցով նպաստել միջմարզային գիտական ցանցի ձևավորմանը։
Մարզային նախագծերն են՝